Việc đưa các Trạm quan trắc chuyên đề vào mạng lưới QTMT quốc gia là một trong những mục tiêu nhằm xây dựng mạng lưới quan trắc đảm bảo tính thống nhất trên phạm vi cả nước, đồng bộ, từng bước tiên tiến và hiện đại hóa cho các thành phần môi trường.

Việc đưa các Trạm quan trắc chuyên đề vào mạng lưới QTMT quốc gia là một trong những mục tiêu nhằm xây dựng mạng lưới quan trắc đảm bảo tính thống nhất trên phạm vi cả nước, đồng bộ, từng bước tiên tiến và hiện đại hóa cho các thành phần môi trường, đáp ứng nhu cầu thông tin, dữ liệu môi trường cho công tác quản lý môi trường trong thời gian qua. Các trạm vùng chuyên đề do các Bộ ngành khác nhau quản lý cho từng lĩnh vực riêng, địa bàn hoạt động rộng khắp cả lãnh thổ Việt Nam, bao gồm cả những vùng biển khơi. Sau đây là danh sách 21 trạm quan trắc chuyên đề.

* Mạng lưới các trạm quan trắc môi trường đất

  1. Trạm QT và PT môi trường đất miền Bắc,  Viện Thổ nhưỡng nông hoá, Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, Bộ NN và PT Nông thôn;
  2. Trạm QT và PT môi trường đất miền Nam, Trung tâm nghiên cứu đất , phân bón và môi trường phía Nam, Viện thổ nhưỡng nông hoá, Bộ NN và PT nông thôn;
  3. Trạm QT và PT môi trường đất Tây nguyên và Nam Trung bộ, Trung tâm nghiên cứu đất , phân bón và môi trường phía Nam, Viện thổ nhưỡng nông hoá (Cơ sở tại Tây Nguyên),  Bộ NN và PT Nông thôn;
  4. Trạm QT và PT môi trường vùng đất liền 1, Trung tâm kỹ thuật môi trường và khu công nghiệp,  ĐH Xây Dựng Hà Nội;
  5. Trạm QT và PT môi trường vùng đất liền 2, Phân viện nhiệt đới MT Quân sự, Bộ Quốc phòng;
  6. Trạm QT và PT môi trường vùng đất liền 3, Viện MT và TN, ĐH Quốc Gia TPHCM;

* Mạng lưới các trạm quan trắc môi trường biển

  1. Trạm quan trắc và phân tích môi trường biển ven bờ phía Bắc (vùng 1), Viện Tài nguyên và Môi trường biển (IMER), Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam (VAST).
  2. Trạm QT và PT môi trường vùng ven biển 2 miền Trung (Trạm QT và PT môi trường biển miền Trung), Trung tâm khảo sát, nghiên cứu và tư vấn môi trường biển, Viện Cơ học, Viện KHCN Việt Nam;
  3. Trạm QT và PT môi trường vùng ven biển 3 miền Nam (Trạm QT và PT môi trường biển miền Nam), Viện Hải dương học, Viện KHCN Việt Nam;
  4. Trạm QT và PT môi trường vùng biển khơi 4 (Quân chủng hải quân), Trung tâm QT và PT môi trường biển hải quân, Bộ Tư lệnh hải quân.;
  5. Trạm QT và PTMT vùng biển khơi 5, Viện nghiên cứu hải sản, Bộ Thuỷ sản;

* Mạng lưới các trạm quan trắc mưa axit

  1. Trạm QT và PTMT  mưa axit 2, Phân viện Kỹ thuật nhiệt đới Bảo vệ môi trường, Viện Kỹ thuật quân sự 2, Bộ Quốc phòng;
  2. Trạm QT và PTMT mưa axit 3, Trung tâm chất lượng nước và môi trường, Viện khảo sát và quy hoạch thuỷ lợi Nam Bộ, Bộ NN và PT nông thôn;

* Mạng lưới các trạm quan trắc phóng xạ

  1. Trạm QT và PT môi trường  hoá học - Phóng xạ 1, Trung tâm Công nghệ xử lý MT, Viện hoá học quân sự, Bộ Tư lệnh hoá học, Bộ Quốc phòng;
  2. Trạm QT và PT môi trường  hoá học - Phóng xạ 2, Trung tâm An toàn bức xạ, Viện Khoa học và Kỹ thuật hạt nhân, Bộ Tài nguyên và Môi Trường;
  3. Trạm QT và PT môi trường  hoá học - Phóng xạ 3, Viện Nghiên cứu hạt nhân Đà Lạt, Viện Năng lượng nguyên tử, Bộ Khoa học và Công nghệ;

* Mạng lưới các trạm quan trắc môi trường lao động và khu công nghiệp

  1. Trạm QT và PT môi trường  lao động - Viện Y học lao động và vệ sinh môi trường, Viện Y học lao động và Vệ sinh môi trường, Bộ Y tế;
  2. Trạm QT và PT môi trường  lao động - Viện nghiên cứu lao động kỹ thuật Bảo hộ lao động, Viện Nghiên cứu khoa học kỹ thuật Bảo hộ lao động;
  3. Trạm QT và PTMT  Công nghiệp, Trung tâm Quan trắc môi trường và kiểm soát ô nhiễm công nghiệp, Viện KH&CN môi trường, Đại học Bách khoa Hà Nội, Bộ Giáo dục và Đào tạo;

* Mạng lưới các trạm quan trắc môi trường nước sông

  1. Trạm QT và PTMT nước sông Hương - Huế, Trung tâm Tài nguyên Môi trường và Công nghệ Sinh học - Đại học Huế.